▼지체 높은 조선 귀족을 초기에 성공적으로 치료한 것이 계기가 되어 사람들은 다투어 그를 찾았다. 그래서 알렌은 환자들을 만나보고 치료할 건물을 조선 정부에 요청했으며, 그 요청이 윤허 되어 건물 한 채를 사용하게 되었다.고종은 조선으로서는 최초의 근대식 병원의 이름을 제중원(濟衆院)이라고 명명했다. 제중원은 본시 광혜원(廣蕙院)이었으나 그 공이 높아지자 1886년에 고종이 제중원 이라고 고치고 알렌에게 당상과 통정대부의 벼슬을 주었다.
▼제중원은 최초의 근대 시설임과 동시에 국립병원이기도 하다. 그 건물은 갑신정변 때 암살된 홍영식의 주택이었다. 알렌 일행이 그 집으로 입주했을 때 는 방마다 핏자국이 있었으나, 잘 수리하여 깨끗한 병원으로 병원으로 바뀌었다. 알렌은 첫 해에 1만 명 이상을 치료하였다. 그러던 중 알렌은 넓은 건물이 있는 더 좋은 장소를 하사받았는데 마침내 그 병원은 정부와 전혀 관련이 없는 순전한 선교 사업의 하나가 되었다.
▼이것이 계기가 되어 선교사업은 좋은 후원자를 나타나게 해줬다. 세브란스라는 미국인 신사의 희사로 좋은 장소에 최신 시설을 갖춘 훌륭한 벽돌 건물이 마련되고 유능한 의사가 배치되었던 것이다. 병원의 이름도 세브란스란 그의 이름을 따서 세브란스 병원이라고 하였다. 지금의 연세대란 이름도 당시의 연희대학과 세브란스 병원의 합병으로 붙여진 이름이다.
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