그러나 병무청은 양심적 병역거부자가 무죄판결을 받았다 하더라도 종전과 같이 양심적 거부를 인정하지 않겠다는 방침이어서 자칫 판결에 대한 논쟁과 대결의 장을 조성하는 사회적 분위기로 가지 않을 까 극히 우려되고 있다. 한쪽에서는 종교적 이유로 병역 거부에 대해 무죄판결을 인권차원에서 환영하고 있고 병무청을 비롯한 다른 쪽은 분단현실을 도외시하고 국방의무라는 헌법에 위반하는 것이라며 유죄판결을 당연시하며 환영하고 있는 등 계층별로 찬반이 엇갈리고 있다 우리는 양심적 병역 거부가 합법적 병역 기피수단으로 이용하지않을까 우려하지 않을 수 없다.
현재 우리 나라는 남북이 엄연히 대치되고 있고 주한미군철수문제까지 대두하고 있는 상황에서 이같은 종교적 이유로 병역을 거부하며 군대에 가지않으려는 젊은이들이 늘어난다고 생각해볼 때 국가안보상황차원에서도 문제이려니와 병역의무를 충실하게 이행하는 병역의무 이행 젊은이들이 같게될 위화감을 염려하지 않을 수없다. 지난 3일 전주지법에서 양심적 병역거부자에 대해 유죄판결을 내린 것도 바로 이런 현실적인 법의 맥락에서 국방의무라는 헌법존중에 큰 무게를 실은 것이라 할 것이다. 물론 양심실현의 자유를 모르는 것은 아니나 그렇다고 양심의 제한이라고만 볼 수 없다는 것이다. 그러나 지금 사회가 열린 사회로 가고 있는 국내외 분위기가 변화해가고 있는 추세를 감안할 때 언제까지 양심적인 자유를 제한하고만 있을 것인가 하는 문제에 부딪치고 있다. 그래서 대체복무제의 대안이 제시되고 있다 할 것이다.
그러나 여기에는 문제가 많다. 양심적인 기준을 어디에 두고 구분할 것인지. 그리고 인권을 이유로 양심적 병역거부가 정당화될 경우 헌법에 규정된 국방의무규정이 존속해야하는가의 문제점 등이 지적될 수 있다.이번 전주지법의 판결 후 대체복무제도 등 이에 대한 대안이 나오며 논란이 일고 있다. 하루 빨리 국민이 법을 지키고 혼선이 생기지 않도록 논쟁보다 신중한 판단들이 있어야 한다.
