문) 갑은 전국 각지에서 할인매장을 운영하는 사업자로서 전국 각 매장에 상품을 공급하는 물류센터를 A시에 두고 본점은 B시에 있지만 서울사무소에서 전국매장과 C사업장에 대한 경영관리업무를 총괄하고 있었습니다.
갑은 전체사업장에서 면세비율이 19%이고 C사업장에서의 면세비율은 2%로 5% 미만으로 용역거래를 하는 업체입니다.(당시에 5%미만의 면세비율은 매입세액전액공제를 받았음)
그리고 갑은 서울사무소를 모든 사업장에 대한 부가가치세를 총괄 납부하는 업체로 신청을 하였는데 갑은 해당년도 2기 부가가치세신고를 하면서 C사업장에서 발생한 매입세액 전액인 2억 원을 공제해서 신청을 하였습니다. 그러자 세무서에서는 갑은 면세비율이 19%로 매입세액 전액공제대상이 아니라고 하면서 공제한 부분에 대해서 부가가치세를 부과했는데 적법한 것인지 여부
답) 갑이 C매장에서 발생한 거래에 대해서 세금계산서상 서울사무소 이름으로 공급받는자라고 기재를 한 것은 형식상은 허위 기재를 한 것으로 볼 수가 있지만 갑이 해당 거래의 계약의 체결과 대금지급을 직접해 왔다고 한다면 공급받는자를 서울사무소로 했다고 하더라도 이는 허위기재를 한 것으로 볼 수가 없습니다.
세금계산서상 ‘용역을 공급받는 자’ 란 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 사업장을 의미하는 것으로서 계약상의 원인에 의하여 용역을 공급받는 사업장이 어느 사업장인가를 결정함에 있어서는 당해 용역공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였으며 용역공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약 체결의 경위와 각 사업장간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반사정을 고려해서 판단해야 합니다.
그리고 갑같이 면세사업장과 비면세사업장을 함께 겸영하는 경우에는 면세세액에 관련된 매입세액(이 사건에서 2억 원을 의미)은 원칙적으로 실지 귀속을 따져서 구분하여 계산해야하는데 그 실지귀속을 구분할 수가 없는 공통매입세액은 이를 안분 계산함이 원칙입니다.
따라서 갑의 경우에 2억 원의 매입세액은 C사업장의 면세사업장의 면세비율 5% 미만의 과세사업장에서 발생한 매입세액이기 때문에 전 매입세액이 공제의 대상이 되는 것입니다.(세금부과당시에 부가가치세법상 면제대상이었기때문임)
결국 갑은 사업장으로 발행된 공급받는 자로 기재한 것은 유효하다고 할 것이고 C사업장에서 발행된 2억 원 매입세액은 전액 공제함이 타당하기 때문에 세무서의 부과처분은 위법하게 되는 것입니다.(대법원 2009. 5. 14. 선고 참조)
<변호사 강삼신 법률사무소>
